有人提出，環(huán)保稅的目的是保護環(huán)境，那么稅率的設(shè)定就應(yīng)該加大企業(yè)污染環(huán)境的成本，使環(huán)保稅真正發(fā)揮功能。所以，稅率的設(shè)置應(yīng)在現(xiàn)行排污收費基礎(chǔ)上適當提高，倒逼企業(yè)技術(shù)改革與創(chuàng)新。
對此，財政部財政科學(xué)研究所副所長蘇明曾表示：“盡管收費標準提高了一倍，但是還遠遠達不到環(huán)境治理的成本。二氧化硫和氮氧化物排污費不低于每污染當量1.2元，我們做過測算，治理的成本在每當量3元到3.4元。以后能否提到3元以上還比較困難?！薄笆召M標準提高一倍為下一步環(huán)保稅出臺奠定了非常好的條件。建議環(huán)保稅率最低點在現(xiàn)在的收費標準之上，以后隨著社會接受程度的提高再把稅率逐步提高?！?/div>
目前，全國實行污染物排放總量控制制度，由省級政府負責(zé)分解落實。當前的排污費，各地區(qū)間也因經(jīng)濟發(fā)展情況不同而存在收費標準的差異。這種情況下對于環(huán)保稅稅率的設(shè)定，是進行區(qū)域差異設(shè)定還是“一刀切”？
對此，財政部財政科學(xué)研究所研究員許文建議，環(huán)保稅稅率水平初期可考慮在現(xiàn)行已提高的排污費收費標準基礎(chǔ)上維持不變，其后再逐步提高到超過污染治理成本。在上述稅率下限的基礎(chǔ)上，應(yīng)允許各地根據(jù)自身的實際情況確定各地區(qū)的具體稅率水平。環(huán)保稅收入在納入一般公共預(yù)算統(tǒng)籌管理后，應(yīng)積極用于支持治理環(huán)境污染，加大財政對環(huán)境保護的投入力度。
除了這些考量，例如，對一些綠色低碳企業(yè)和積極研發(fā)
節(jié)能減排、進行技術(shù)升級改造的企業(yè)給予一定的稅收優(yōu)惠，對排放超標的企業(yè)適用較高的稅率，都可以讓環(huán)保稅真正起到“懲惡揚善”的作用。
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